Le nom de la baie vient d'un nom donné à la région par CHAMPLAIN : Le Port Sainte-Marguerite. Les contrebandiers comptent parmi les premiers visiteurs de la baie, où ils viennent vendre de la marchandise de contrebande, notamment de l'huile et du poisson. Cependant, la principale industrie était et demeure la pêche.
À la fin des années 60 et au début des années 70, des spécialistes des sciences de la mer de L'INSTITUT OCÉANOGRAPHIQUE DE BEDFORD de Dartmouth (Nouvelle-Écosse) y installent un laboratoire de terrain pour étudier les processus physiques et biologiques sous-jacents à la productivité des EAUX LITTORALES. Une de leurs conclusions est que la circulation des courants dans le sens anti-horaire favorise le renouvellement des eaux de la baie tous les 10 à 30 jours et que le vent, qui mélange les couches de surface, joue un rôle dans l'efficacité de la production primaire.