Huguenots

L'édit de Nantes (1598) leur accorde une tolérance limitée, ce qui permet à Pierre Chauvin et au sieur de Monts de fonder des postes à TadoussacC (1600) et Port-Royal (1605). Des pasteurs réformés peuvent aussi exercer leur ministère auprès des pêcheurs et des marins. Toutefois, le travail missionnaire est permis exclusivement aux catholiques (voir Catholicisme), et, après 1627 au Canada et après 1659 en Acadie, même l'instruction et le culte protestants sont interdits.

Un petit nombre de huguenots continuent de s'infiltrer au Canada et en Acadie en qualité de marchands, d'artisans, de soldats, de pêcheurs, de domestiques engagés à long terme et même de Filles du Roi. Ils sont forcés de vivre comme de « bons catholiques » en assistant à la messe, en faisant célébrer leur mariage à l'église et baptiser leurs enfants par un prêtre. En secret, beaucoup conservent leurs convictions religieuses réformées et se marient avec des conjoints partageant les mêmes idées. En 1683, l'intendant se plaint aux autorités de Versailles qu'au moins 60 « hérétiques » ont quitté la colonie pour s'établir dans les colonies anglaises protestantes voisines. Après la révocation de l'édit de Nantes (1685), des marchands importants sont forcés ou d'abjurer le protestantisme ou de retourner en France.

Dans les années 1740 et 1750, les activités commerciales des protestants à Québec et à Louisbourg prennent de l'importance. Le gouvernement colonial français et les communautés religieuses catholiques font affaire avec des compagnies protestantes et juives françaises. Des recherches récentes indiquent que le nombre d'immigrants protestants pendant le régime français atteint au moins 1450.

La conquête britannique amène la liberté de culte et on voit apparaître le terme de « protestant français ». Le 10 août 1764, la religion protestante acquiert un statut officiel et des huguenots ne tardent pas à être nommés à des postes importants au conseil exécutif du gouverneur, dans les tribunaux et dans la bureaucratie. Le plan qui vise à attirer des immigrants français protestants et à remplacer le clergé catholique par un clergé anglican francophone obtient peu de succès. Les quelques convertis gagnés par la mission de l'Église anglicane auprès de la population canadienne-française d'Amérique du Nord britannique et par la London Missionary Society renoncent à leur langue en même temps qu'à leur confession religieuse. Le projet d'une Église protestante canadienne-française solide n'aboutit pas.

Un organisme indépendant, la Société missionnaire de Lausanne, ouvre un centre en 1834 à Grande-Ligne (Bas-Canada). En 1839, la French Canadian Missionary Society est créée à Montréal, un collège biblique est fondé à Pointe-aux-Trembles en 1846 et la publication Le Semeur canadien est lancée en 1853. À partir de 1880, le Montreal Presbyterian College, fondé en 1867, assure la formation du clergé réformé francophone. En 1875, un synode est convoqué afin d'organiser une Église nationale réformée, mais le projet est abandonné en 1877 au profit d'assemblées locales indépendantes. Par la suite, les missions de Grande-Ligne deviennent Baptistes, mais de nombreux protestants francophones adhèrent aux Églises Presbytériennes et Réformées pour former enfin des assemblées francophones de l'Église Unie du Canada.