Au cours des 500 premières années, les eaux s'écoulaient vers le sud par la vallée de la rivière Minnesota. Lorsque le retrait glaciaire s'est déplacé vers le nord-ouest de l'Ontario, le niveau du lac s'est abaissé et son écoulement a bifurqué vers l'est, dans le lac Supérieur, par l'intermédiaire d'émissaires situés dans le bassin du lac Nipigon. Il y a lieu de croire qu'il s'est aussi drainé vers le nord-ouest, dans l'océan Arctique, via le fleuve Mackenzie.
Il y a environ 9900 ans, une récurrence glaciaire a bloqué l'écoulement des eaux du lac à l'est, ce qui l'a ramené à son niveau initial. Entre 400 ans et 700 ans plus tard, l'inlandsis a fondu rapidement et le drainage a repris vers l'est. Quand la déglaciation s'est poursuivie, le niveau du lac a diminué et le trop-plein s'est écoulé à travers le nord de l'Ontario, vers la vallée du fleuve Saint-Laurent. Le drainage définitif a eu lieu il y a environ 7700 ans, vers le nord, dans la baie d'Hudson. Le lac WINNIPEG est l'un des derniers vestiges du lac Agassiz. L'ancien bassin du lac et ses sédiments sont aujourd'hui des terres agricoles fertiles.
Voir aussiGLACIER; GLACIATION.