À l'origine, Marathon est connue sous le nom de Peninsula ou Peninsula Harbour. On la fonde en 1883 pour loger les travailleurs de la construction de la ligne du chemin de fer du Canadien Pacifique. À son apogée, la population de Peninsula, est évaluée à 12 000, mais, une fois la construction du chemin de fer terminée, il ne reste qu'une ville fantôme.
Dans les années 1930, on y trouve quelques chantiers d'exploitation forestière et, durant la Deuxième Guerre mondiale, on y construit des camps de prisonniers de guerre. La guerre suscite l'exploitation du potentiel forestier de la région. En 1944, Marathon Corp. y construit une usine de pâte dont la production commence en 1945 (voir Industrie des pâtes et papiers). La localité de Marathon devient alors une ville de compagnie. En 1959, Marathon Corp. vend l'usine de pâtes et toutes ses exploitations. Depuis, l'usine a plusieurs fois changé de mains, pour finalement faire faillite et fermer en 2009.
En 1981, on découvre le gisement d'or de Hemlo. Aujourd'hui, on compte deux mines d'or dans la région et bon nombre des mineurs habitent Marathon, qui abrite également des entreprises qui soutiennent l'industrie minière. Même si elle n'est plus une ville mono-industrielle, son économie demeure étroitement liée aux ressources naturelles.
Marathon est aussi un lieu de villégiature grâce à la proximité du parc national Pukaskwa et du parc provincial Neys. On trouve aussi dans ses environs immédiats d'importants sites archéologiques tels que les fascinantes fosses de Pukaskwa, ainsi que des terrains de camping à l'embouchure de la rivière Pic.