La rivière Hillsborough, qui coupe l'île presque en deux du nord au sud, a toujours servi de « voie de transport ». Durant des siècles, les Mi'kmaq y ont pêché et ont campé sur ses rives. Les Européens se sont installés dans la région au début du XVIIIe siècle, utilisant la rivière comme voie de transport et comme important site de construction navale, à l'époque de la navigation à voile. Si on y a pratiqué la pêche commerciale pendant un temps, on y fait aujourd'hui la récolte de mollusques et de crustacés, en particulier des huîtres. La capitale de l'Île-du-Prince-Édouard, CHARLOTTETOWN, où les pères de la Confédération se sont réunis en 1864, se situe à l'embouchure de la Hillsborough.
En raison du relief plat de l'île, la Hillsborough représente, sur la majeure partie de son cours, un estuaire soumis à l'influence des marées, presque exempt de courants. Ses vastes marais salés servent de riches aires de reproduction à des milliers d'oiseaux de mer, et à des mammifères marins et terrestres. Désignée en 1997, elle fait maintenant partie du RÉSEAU DES RIVIÈRES DU PATRIMOINE CANADIEN.