À titre privé et comme boursier du MACQ, Conrad Letendre a poursuivi durant de nombreuses années d'importants travaux de recherche dans le domaine des sciences musicales, parallèlement à son enseignement de l'orgue. Il a laissé des ouvrages didactiques encore inédits, lesquels ont amené deux de ses disciples, Jean Chatillon et Michel Perrault, et quelques autres à fonder en 1970 l'Institut de sciences musicales Conrad Letendre qui devint plus tard Pantonal.
Conrad Letendre est l'auteur de pièces pour orgue publiées en trois volumes chez Ostiguy (1980-82). Un récital de ses oeuvres fut présenté à la radio de la SRC par sa femme à l'occasion du premier anniversaire de sa mort. Une bourse Conrad-Letendre fut décernée pour la première fois en 1979 à l'organiste John Vandertuin de Brantford, Ont., et par la suite à Rachel Laurin. Un Festival Conrad-Letendre a eu lieu annuellement à Saint-Hyacinthe de 1979 à 1983. En 1987, un concert commémorant le 10e anniversaire de sa mort prit place en l'église du Gesù avec la participation de Gaston Arel, Raymond Daveluy, Rachel Laurin et Aline Letendre. Cette dernière et la violoniste Tara-Louise Perrault créèrent pour l'occasion la Sonate en la mineur de Michel Perrault dédiée à la mémoire de Letendre.