Les droits de douane et d'accise, qui sont des taxes sur les produits, sont une des plus anciennes sources de revenu des gouvernements du monde entier. Les droits de douane s'appliquent aux produits importés, alors que les taxes et les droits d'accise sont généralement prélevés sur des produits de fabrication locale, notamment l'alcool et le tabac. Les droits de douane et d'accise ont tenu un rôle vital dans la croissance du Canada. Ils ont été au centre d'un désaccord, surtout en Nouvelle-Écosse, entre la Couronne et le Parlement, portant sur le droit d'imposer des droits de douane et d'en disposer. Ils ont constitué l'élément clé de la politique nationale, qui a duré près d'un siècle, et ont été le pivot de la réussite de l'indépendance nationale, le gouvernement les utilisant pour négocier les tarifs avec les autres pays.
Les droits de douane existaient déjà au pays à l'arrivée des Européens en Amérique du Nord avec leur rhum et leur religion. Certaines tribus autochtones, en effet, exigeaient des droits des membres des autres tribus qui traversaient leur territoire. Le Régime français a favorisé le soutien à la Nouvelle-France par un droit à l'exportation sur les fourrures et ne s'est appuyé sur les droits à l'importation que dans ses derniers jours. Les Britanniques n'avaient pas tant recours aux droits de douane comme source de revenu, mais pour faire appliquer leurs Lois sur la navigation, selon lesquelles leurs produits devaient être transportés sur des navires britanniques. Au moment où la Grande-Bretagne s'oriente vers le libre-échange, au cours des années 1840, les droits de douane et d'accise deviennent la source de revenu presque exclusive du Canada, et ce, jusqu'après la Confédération.
Quand les représentants de l'Amérique du Nord britannique se rencontrent, en 1864, ils discutent d'une « politique commerciale commune ». Jusqu'alors, leur seule politique commune était de taxer les uns les autres leurs produits manufacturés aussi bien que ceux des autres pays. En 1867, le gouvernement national reçoit la responsabilité des tarifs douaniers. La Loi sur les douanes de la province du Canada est adoptée en 1866. En 1868, on établit le tarif douanier à 15 p. 100, taux qui représente un compromis entre le taux protectionniste du Canada, fixé à 20 p. 100, et les taux libre-échangistes de la Nouvelle-Écosse et du Nouveau-Brunswick, respectivement de 10 et de 12 p. 100. Les droits n'augmentent, même pour favoriser et protéger le secteur manufacturier du pays, qu'en 1879, sous le gouvernement du premier ministre sir John A. Macdonald. En 1883, les recettes annuelles s'élèvent à 23,2 millions de dollars. Jusqu'à la Deuxième Guerre mondiale, période où on commence à prélever des taxes de vente et un impôt sur le revenu, les droits de douane et d'accise représentent environ 75 p. 100 des recettes du gouvernement fédéral.
Dans la province du Canada (1841-1867), les douanes sont administrées par le ministère des Finances. Les ministères des Douanes et du Revenu intérieur, établis en 1867 en tant qu'entités distinctes, fusionnent en 1918 pour devenir Douanes et Accise en 1921. En 1925, la responsabilité de la perception de l'impôt sur le revenu passe du ministère des Finances à celui des Douanes et Accise, renommé le ministère du Revenu national en 1927. La devise officieuse de Douanes et Accise est « Le Revenu (toujours écrit avec une majuscule) doit être protégé ». Les premiers percepteurs doivent jurer sur la Bible devant un juge, quatre fois par an, qu'ils ont versé tous les montants perçus chaque trimestre. En 1897, sur la piste du Klondike, l'agent des douanes plante sa tente près du lac Tagish et aborde les bateaux des prospecteurs qui passent par là pour percevoir les droits sur tous les produits américains. Parfois, le revenu n'est pas suffisamment protégé. En 1926, à l'époque de la prohibition, l'âge d'or de la contrebande d'alcool et des distilleries, un scandale des douanes fait tomber temporairement le gouvernement (voir l'Affaire King-Byng).
Au Canada, la bataille politique a duré longtemps entre les protectionnistes et les libre-échangistes. En 1854, le Canada et les États-Unis signent un accord de réciprocité (libre-échange visant 50 produits). En 1866, les États-Unis mettent fin à cet accord. Ce n'est pas avant 1935 que les deux pays s'accordent mutuellement le statut de la nation la plus favorisée en matière de tarifs douaniers. Durant cette période, on demande à quelques reprises aux électeurs canadiens de choisir entre le protectionnisme et le libre-échange et, chaque fois, ce dernier système est écarté. Les barrières tarifaires élevées ne disparaissent qu'après la Deuxième Guerre mondiale, grâce à l'Accord général sur les tarifs douaniers et le commerce (GATT), signé le 18 novembre 1947. Durant les années 80, les tarifs douaniers, à quelques exceptions près, sont en général ceux qu'ils étaient au début de la Confédération. Même la priorité commerciale accordée au marché britannique en 1769 a disparu.
Une grande partie des droits de douane étaient perçus dans les ports de mer et le long de la frontière avec les États-Unis, longue de 8893 km. Mais les voyages en avion, en train et en auto sont venus modifier tout cela. Au Canada, quelque 10 000 agents sont affectés à 650 postes de douane, dont 140 sont situés à la frontière. Certains postes sont si éloignés, comme celui de Little Gold Creek, au Yukon, qu'on les abandonne l'hiver. Les frais de perception représentent moins de 2 p. 100 des recettes qui atteignent 19,7 milliards de dollars en 1985-1986. Le ministère des Finances fixe les règles d'imposition, y compris les tarifs, alors que Douanes et Accise s'occupe de les administrer. La réglementation vise aussi les narcotiques, le matériel pornographique, les armes à feu, les plantes porteuses de maladie et le dumping de produits étrangers, qui portent préjudice à l'industrie canadienne et à l'emploi.