John McIntosh étudia l'orgue auprès de Lansing MacDowell, Charles Peaker et André Marchal (cours particuliers), et avec David Craighead, Catharine Crozier et Russell Saunders (ESM). Après avoir enseigné à l'Université de Toronto (1957-58) et au Malvern Collegiate Institute de Toronto (1961-62), il se joignit au corps professoral de l'Université de Western Ontario, où il dirigea le dépt de théorie (1962-68) puis celui de musique appliquée (1968-76). En 1991, il enseignait toujours dans cette université. Prof. d'orgue (interprétation, littérature, pédagogie), il a enseigné aussi la musique d'église, la théorie musicale, le contrepoint et l'orchestration.
En récital, McIntosh s'est produit dans les grandes villes canadiennes, ainsi qu'aux États-Unis, en Angleterre et à la radio de la SRC. Il a donné des récitals-causeries et animé des classes de maître dans plusieurs universités du Canada. À l'Université de Western Ontario, il a fait office chaque année de chef de choeur, de claveciniste et d'accompagnateur à l'orgue, dirigeant également l'ensemble Ceremonial Brass de l'université. Quatre de ses anthems pour choeur mixte ont été exécutés. En 1973, il devint o. m. c. à l'église anglicane Saint James Westminster de London, Ont. En 1991, le CRCO dont il est membre le nomma prés. de sa section de London.